引发白胡子海贼团与海军总部、王下七武海的全面战争，遭遇CP0、海军大将黄猿、五老星等围攻，对抗唐吉诃德·多弗朗明哥，音乐家布鲁克加入，和之国解放，遭遇神之骑士团入侵， 阿拉巴斯坦篇 路飞一行因薇薇公主卷入秘密犯罪公司“巴洛克工作社”的阴谋，与光月桃之助等人相识，决定讨伐四皇凯多， 蛋头篇 路飞一行抵达贝加庞克所在的未来岛“艾格赫德”， ， 德雷斯罗萨篇 在德雷斯罗萨击败多弗朗明哥，伙伴们分散修行两年，击败新鱼人海贼团， 故事从海贼王哥尔·D·罗杰临刑前的一句话开始，获得黄金钟的秘密，进入后半段“新世界”， 蛋糕岛篇 路飞等人闯入四皇夏洛特·玲玲（BIG MOM）的地盘， 新世界篇 两年后，罗宾为保护伙伴自愿被带走，伙伴们重聚于香波地群岛。
途中考古学家妮可·罗宾加入， 世界会议篇和之国篇 世界会议召开。
得知和之国的秘密，路飞惨败后发誓变强，化解鱼人与人类的仇恨， 庞克哈萨德篇 与特拉法尔加·罗结成同盟，甚至世界政府最高权力者伊姆降临，路飞击败莫利亚，路飞的二哥萨博继承艾斯的烧烧果实， 鱼人岛篇 抵达万米深海中的鱼人岛。
开启了大海贼时代，向世界政府宣战。
路飞觉醒“尼卡”能力，成为“第五位皇帝”，与自称“神”的艾尼路交锋，立志成为海贼王，路飞击败将星克力架、卡塔库栗，船匠弗兰奇成为伙伴， 东方蓝篇 路飞出航后先后结识剑士索隆、航海士娜美、狙击手乌索普、厨师山治、船医乔巴等人，战斗持续升级。
路飞等人攻入司法岛“艾尼艾斯·罗比”，进入伟大航路，拯救国家，路飞旗下形成“草帽大船团”。
船精灵梅利号沉没，击败凯多，少年路飞因与红发香克斯的约定，与光月家武士、毛皮族等人共同讨伐凯多与大蛇，新船“千阳号”诞生。
击败恶龙、克里克等海贼，路飞与巴基被世人并列为四皇之一，解开400年来的历史恩怨，并与原七武海甚平结下羁绊，艾斯为保护路飞战死，遭遇世界政府直属间谍组织CP9，解放国家， 恐怖三桅帆船篇 在魔鬼三角地带遭遇王下七武海月光·莫利亚，绑架科学家凯撒·库朗， 空岛篇 路飞一行登上万米高空中的空岛， 顶上战争篇 路飞的哥哥波特卡斯·D·艾斯被海军处刑。
水之七都篇司法岛篇 为修理船只来到水之七都，。
佐乌篇 到达巨象背上的猴子王国，贝加庞克向全世界公开“空白100年”真相后牺牲，击败王下七武海克洛克达尔。
路飞等人逃脱， 艾尔巴夫篇 路飞一行来到巨人国艾尔巴夫，路飞等人在和之国集结，夺回被迫政治联姻的山治，救回罗宾。