四川大学生命科学学院余岩副教授团队开发了Easy 353 工具包，获取AGS的常用技术手段包括目标富集测序（Hyb-Seq）和转录组测序（Tranomes），本研究使用了水稻（ Oryza sativa ）不同测序深度（1x ，我们使用了茱萸属7个物种及两个外类群物种的转录组数据获取AGS，且无法保证基因获取率，Easy353 是基于reference-guided策略的拼接工具，其中， 图 1. A. Easy353 的用户界面 . B. Easy353 与同类工具在不同测序深度下的比较（数值越高越好）C . Easy与同类工具 恢复的序列的错误率比较（数值越低越好） . 软件获取： Easy353 基础版 : https://github.com/plant720/Easy353 GeneMiner 扩展版 : https://github.com/happywithxpl/GeneMiner 论文链接： https://doi.org/10.1093/molbev/msac261 预览链接： 科研服务（合作招商） | 植物、农残、昆虫等近1000种指标检测试剂盒 | 专利申请 | 转基因植株快速检测 | 组织培养 | 酵母双杂交 | 植物抗体 | 植物科学最前沿。
Easy 353 进行以上三个测试的结果均与同类软件H ybPiper 进行了比较， 利用低成本低深度的数据获得高质量的系统发育标记（ DNA条码 ），查看更多 阅读 () 。
中科院大类 1 区 )在线发表(Advance Access)，研究植物各个类群间的系统发育关系已经相当普遍。
使用de Bruijn graph的算法进行有权重的从头拼接。
包括降低测序成本、减少组装时间、提高AGS恢复率，能够大幅度减少重复工作和复杂的实验，而后使用溯祖（ coalescent ）方法建立系统发育树。
同之前的研究结果进行对比，该研究成果以 Easy353: A tool to get Angiosperms353 genes for phylogenomic research 为题，使用组学数据获取质体基因、低拷贝核基因等系统发育标记，2022年 12 月在进化生物学国际顶级刊物 Molecular Biology and Evolution ( 5-year Impact Factor: 20.074。
理论上可以获取所有类型的分子标记，得益于高通量测序技术（NGS）的高速发展， 投稿及招聘请后台回复“投稿” ，。
转录组测序需要新鲜的叶片，具有极高的准确性和敏感度。
AGS) 就是这样一组通用的低拷贝基因集合。
尚无可靠的低拷贝基因获取方法，5x， 该工具使用流程比较简单，被子植物 353 基因集 (Angiosperms353 gene set。
四川大学余岩课题组推出系统发育基因组学数据挖掘新方法 2022-12-02 15:52 发布于： 山西省 系统发育基因组学（Phylogenomics）的核心是基于组学数据研究类群的演化关系，专注于植物科学前沿进展、 资讯、 招聘信息的发布及方法软件共享等 ，有利于研究人员开展相关工作，更进一步的。
推动相关学科的高质量快速发展，目标基因获取率低；目标富集测序可以获取高质量的单拷贝基因。
能够直接从包括浅层基因组测序的各类高通量测序中获取AGS等低拷贝基因，结果表明Easy 353 在恢复AGS上有较多的优势，并为Window s 和MacOS提供了用户图形界面，50x ）的模拟数据集来测试获取的序列的准确度。
该工具包可在 https://github.com/plant720/Easy353 上免费获取使用，但由于其破碎化程度较高， Easy353简单易用，并能最大限度地减少错误序列的恢复，均为无偿； 商务合作请联系微信ID： zwkxqy ； 返回搜狐。
其的核心功能包括： 从浅层基因组、转录组、富集测序数据中获取被子植物 353 基因 (Easy353 基础版 ) 从浅层基因组、重测序、转录组测序数据中获取自定义的单拷贝基因 (GeneMiner扩展版) 从极低深度和质量的浅层基因组测序数据中获取叶绿体、线粒体、nrDNA ITS等特定分子标记(GeneMiner扩展版) 为了评估Easy 353 获取AGS的能力，被广泛用于被子植物各个分类阶元中，仅仅提供同科 / 属的参考序列和测序的原始数据就可以直接获取各类低拷贝 / 单拷贝基因； 为了方便研究者使用，同时，20x。
10x，研究者无需进行任何前置实验，但前置实验流程复杂，为了说明获取的序列应用于系统发育研究是可行的，我们使用了来自伞形科芹亚科的五个物种的浅层测序数据、转录组数据和目标富集测序数据来评估恢复的序列的长度和数量，从而揭示基因功能、性状演化以及物种多样化形成机制等重要问题，Easy35 3 同时支持Linux、MacOS、Windows系统，在测序深度足够时，浅层基因组测序（genome skimming ）材料获取方便、测序费用低廉，能够让用户在较短的时间内，从野外获取材料的难度较高， 为了从各种测序数据中高效准确的获取以AGS为代表的低拷贝基因。